您好，一般情况下，如果代理进口货物，海关完税凭证上注明的纳税人是委托方，那么由委托方（即您公司）抵扣进项税额；若注明的纳税人是代理方，通常由代理方抵扣。

若由您公司抵扣，需要取得海关开具的注明您公司为纳税人的海关进口增值税专用缴款书。同时，要留存好与代理公司签订的代理进口合同、付款凭证等资料，以证明业务的真实性。

如果是代理公司抵扣后再转给您公司，代理公司需给您公司开具增值税专用发票，您公司凭此发票抵扣进项税。在实际操作中，要注意按照税务规定及时申报抵扣，避免逾期无法抵扣带来损失。

得看海关完税凭证抬头，要是写的你们公司，那就你们直接抵，按规定认证申报就行。

如果代理公司抵扣，之后开专票给你们，你们拿到专票按正常流程认证抵扣，别错过认证时间。

不管谁抵扣，相关合同、付款记录等资料都要保存好，税务查起来能说明业务情况。

先确定海关完税凭证上纳税人是谁，再按对应方法抵扣，别搞混流程。

抵扣资料一定要准备齐全，不然可能影响抵扣，合同这些千万别弄丢。

要是代理公司抵扣后转你们，注意专票的开具和传递，确保及时拿到进行抵扣。

关注下当地税务政策，不同地区可能在具体操作上有些小差异。

实际抵扣前，最好和税务专员沟通确认下流程，避免出错。