出口代理差额征税，是指以其取得的全部价款和价外费用，扣除支付给委托方货款后的余额为销售额计算缴纳增值税。

操作流程上，首先，出口代理企业要准确核算相关业务。收到委托方款项及支付货款等都要清晰记录。其次，在申报纳税时，要填写增值税纳税申报表，在“服务、不动产和无形资产扣除项目明细”中，准确填写扣除项目金额，即支付给委托方的货款金额。

注意事项方面，一是要有合法有效的扣除凭证，比如与委托方的合同、支付货款的银行回单等。二是要区分不同业务，不能将非出口代理业务混入差额征税范围。三是及时关注税收政策变化，出口退税政策等有时会调整，要按新规定执行。

出口代理差额征税得保证业务真实，合同、资金流、货物流都得对应得上，不然税务查起来就麻烦了。发票开具也得注意，得按规定在备注栏注明相关信息。

差额征税计算的时候，千万别把该扣除的金额算错，仔细核对支付给委托方的货款数额，不然影响税款计算准确性。

做出口代理差额征税，得熟悉相关法规，像发票管理办法、增值税暂行条例等涉及的条款，别因为不懂法违规了。

在账务处理上要清晰，专门设置科目来核算与差额征税相关的收支，方便后期税务检查和财务分析。

如果涉及到外币结算，汇率换算要按税务规定的方法来，别自己乱换算，造成税款计算错误。

和委托方沟通好差额征税相关事宜，比如发票开具要求、款项支付时间等，避免后续产生纠纷。

及时申报纳税，别逾期，不然不仅有滞纳金，还可能影响企业纳税信用等级。

保存好相关业务的资料，包括合同、发票、报关单等，以备税务部门查验。