出口代理公司常见的收费方式主要有按笔收费、按货值百分比收费和综合收费等。

按笔收费是根据出口业务的每一笔订单收取固定费用，这种方式简单明了，适用于订单金额差异不大且操作流程相对固定的业务。

按货值百分比收费，即按照出口货物价值的一定比例收取代理费，比例通常在1% - 5%左右，具体取决于货物类型、贸易条款等，一般货值越高，比例可能相对越低。

综合收费则结合了固定费用和货值比例，比如先收取一笔基础服务费，再根据货值收取一定比例费用，这种方式考虑较全面。收费标准还受业务复杂程度、市场竞争等因素影响，如涉及特殊产品或复杂单证，收费可能更高。

有的出口代理公司会根据服务项目单独收费，像报关、订舱、收汇、退税等，每个环节分别计价。如果企业对某些环节熟悉，自己操作，只让代理做其他环节，就按实际做的项目收费。

部分出口代理公司可能会有最低收费标准。即便业务量小，按正常收费方式算出的费用低于这个标准，也会按照最低标准收取，避免业务量太小导致利润过低。

对于长期合作且业务量稳定的客户，有些出口代理公司会给予一定优惠，例如降低收费比例或者减免部分固定费用，以此来维系良好的合作关系。

若出口货物需特殊处理，如商检、熏蒸等，出口代理公司可能会针对这些额外服务收取相应费用，这部分费用通常根据实际发生的成本和一定利润来确定。

一些出口代理公司还会收取垫付货款利息。当他们提前帮企业垫付货款时，会按一定利率收取利息，利率水平可能参照市场同类借贷利率。

在汇率波动较大时，若出口代理公司涉及外汇结算，可能会在汇率换算上收取一定差价费用，不过正规代理公司差价通常不会太高。

如果出口业务后续出现问题，如海关查验、退税异常等，代理公司可能会收取额外的处理费用，费用高低取决于问题解决的难度。

有的出口代理公司会根据出口目的地不同收费。一些偏远或贸易环境复杂的地区，因操作难度和风险增加，收费会有所提高。

服务增值部分也可能收费，比如提供市场信息咨询、贸易风险评估等，这部分费用根据具体服务内容而定。