垫付货款出口代理服务费的计算方式通常有几种。常见的一种是以货值为基础按比例收取，比如货值较低时，比例可能在2%-5%左右；货值高，比例可能降低到1%-3%。这是因为货值越高，代理公司承担风险相对分散，所以比例会有所调整。

另一种方式是按固定费用收取，不管货值多少，收取一笔固定的服务费用，不过这种情况较少，除非业务简单、风险易控。

还有的会根据垫付货款金额收取一定比例费用，比如垫付金额的1%-3% ，因为垫付货款代理公司要承担资金占用和风险。不同代理公司收费标准不同，建议多咨询几家，综合对比后再做选择。

一般除了按货值比例，还会结合业务复杂程度。要是涉及多种贸易条款、需要办理多项特殊认证等，费用会增加，可能在上述比例基础上上浮1 - 2个百分点。

有的代理公司会看出口目的地，一些偏远或风险高地区，服务费会高些，可能比常规地区高出1 - 3个百分点，毕竟运输、收款风险增大。

如果是长期合作的客户，代理公司可能会给予一定优惠，比如在原有比例基础上降低0.5 - 1个百分点。

有时候代理公司还会按订单数量算服务费，每个订单收取固定金额，适合货值差异大但订单多的情况。

还得看货物本身，像易碎品、危险品等特殊货物，服务费通常比普通货物高1 - 2个百分点，因为操作更复杂、风险大。

有些代理会根据垫付货款时间长短收费，时间越长，费用比例越高，比如超过3个月，费用比例可能提高1个百分点。

另外，市场行情也影响收费，如果行业竞争激烈，代理公司为揽客可能会适当降低收费比例。

如果涉及退税，代理公司可能在退税金额里抽取一定比例作为服务费，比例大概在5 - 10%。

若需要代理公司提供额外服务，如报关资料制作、物流安排等，也会增加相应费用，每项可能几十到几百元不等。