代理出口退利润税务操作，首先要明确退税主体。一般情况下，由委托方办理退税，若委托方是生产企业，实行“免、抵、退”税办法；若委托方是外贸企业，实行免退税办法。

计算退税金额，生产企业是根据出口货物离岸价、出口货物退税率计算。外贸企业则依据购进出口货物的增值税专用发票注明的金额或海关进口增值税专用缴款书注明的完税价格，乘以出口货物退税率。

资料准备方面，需提供代理出口协议、出口货物报关单、出口发票、委托方的增值税专用发票（外贸企业）等。税务申报要在规定期限内，如货物报关出口之日次月起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期内，收齐单证进行申报。注意要及时收齐单证，确保信息准确，避免逾期影响退税。

记得要关注出口货物的商品编码，不同编码退税率可能不同，这直接影响退税金额。而且要确保发票的真实性和规范性，发票内容与报关单等其他资料要一致，不然可能导致退税受阻。

在代理出口过程中，双方要明确责任划分，对于退税相关的沟通一定要及时。如果遇到政策调整，要尽快了解新政策对退税的影响，及时调整操作。

还得注意外汇的收齐情况，有些地区要求收汇后才能办理退税。如果不能及时收汇，要按规定办理不能收汇手续，不然也会影响退税进度。

申报退税前，最好先进行自检，看看数据是否准确、资料是否齐全。现在很多地区都有电子税务局等系统，能提供自检功能，能有效避免申报错误。

对于委托方和代理方的资质也得重视，若企业自身存在税务风险或信用等级较低，可能影响退税的办理，所以日常要维护好企业税务信用。

如果代理出口涉及到多种产品，要分别核算不同产品的销售额等，因为不同产品的退税率、退税计算方式可能有差异，混在一起不利于准确退税。

要保存好相关的退税资料，包括纸质和电子资料，以备税务机关后续核查。资料保存期限一般按税务规定执行，不能随意丢弃。

退税过程中若遇到问题，比如退税数据异常等，要及时与税务机关沟通，按要求提供说明或补充资料，积极解决问题。