代理出口纳税申请一般按以下流程进行。首先，代理出口企业需办理税务登记和出口退（免）税备案，准备营业执照、对外贸易经营者备案登记表等相关资料到当地税务机关办理。

其次，在货物出口后，要及时取得出口货物报关单、代理出口协议等凭证。对于增值税，若委托方是生产企业，实行“免、抵、退”税办法；若委托方是外贸企业，代理方不涉及增值税退税计算，由委托方申报退税。

纳税申报时，代理方需准确填写相关申报表，如实申报代理出口销售额等信息。注意要严格按规定期限申报，确保凭证真实有效，若有虚假将面临处罚。另外，不同地区税务政策可能有差异，建议与当地税务机关保持沟通，及时获取准确信息。

记得收集齐各类凭证，像报关单、发票、核销单等，这是申请的基础，缺了哪个可能都影响申请流程。

时间把控很关键，要在规定的申报期内完成纳税申请，不然逾期会很麻烦，可能影响退税甚至面临罚款。

如果涉及消费税的货物代理出口，要注意消费税的申报，一般是由委托方办理退税，代理方协助提供资料。

要建立完善的出口业务台账，记录每笔代理出口业务的详细信息，方便后续核对与申报。

在签订代理出口协议时，就要明确好双方在纳税申请过程中的责任与义务，避免后续产生纠纷。

关注汇率变化，因为涉及外币结算，汇率波动可能影响销售额及退税额的计算。

税务政策不断更新，要时常关注当地税务机关发布的政策动态，及时了解新规定，保证纳税申请合规。

资料整理要规范，各类凭证、报表等按要求装订成册，便于税务机关查验审核。

如果对某些流程不确定，可拨打12366纳税服务热线咨询，获取官方指导。