代理进出口存在一定缺点。首先，费用成本较高，代理公司会收取代理费，这增加了业务成本。不同代理收费标准不同，可能还会有一些隐藏费用，需要仔细甄别。其次，存在信息沟通不畅的风险，进出口业务环节多，若代理与委托方沟通不及时、不准确，易导致货物交付延迟、文件处理失误等问题。再者，存在代理信用风险，若代理公司经营不善或信誉不佳，可能挪用资金、泄露商业机密。另外，委托方对业务掌控力会减弱，过度依赖代理，自身缺乏对进出口流程的深入了解，不利于企业长期发展。

总之，选择代理进出口要谨慎评估。

代理进出口时，可能会出现货物控制权问题。在操作过程中，货物在一定程度上由代理管理，若代理操作不当，比如运输存储环节出问题，责任界定可能较麻烦，处理起来耗费精力。

代理公司的专业水平参差不齐。若选到专业能力不足的代理，在报关、清关等关键环节可能出现延误或错误，导致货物滞留，影响业务进度，还可能面临罚款。

部分代理公司可能缺乏灵活性。进出口业务有时会遇到突发情况，若代理公司墨守成规，不能及时根据实际情况调整方案，可能会给委托方带来损失。

代理进出口可能存在合同风险。合同条款若不清晰，在费用结算、服务范围、责任划分等方面就容易产生纠纷，后续解决起来比较棘手。

依赖代理公司可能导致企业自身人才培养受限。长期借助代理，企业内部难以培养出精通进出口业务的团队，不利于自身业务能力提升和长远发展。

可能存在信息传递滞后。市场行情瞬息万变，若代理未能及时传达政策变动、市场价格波动等重要信息，委托方可能错过最佳决策时机。

有些代理可能会因自身利益优先，在选择供应商、物流等方面未必完全从委托方角度考虑，这可能影响业务整体质量和效益。

代理进出口还可能面临地域差异导致的问题。不同国家和地区政策法规不同，若代理对当地情况了解不够深入，可能在业务开展中遇到阻碍。