出口代理公司常见的收费方式主要有以下几种：

其一，按订单金额的一定比例收费。这是较为普遍的方式，比例通常在1%-5%不等，具体取决于产品类型、货值、贸易复杂度等。比如，普通低货值产品，比例可能较低；而高货值或复杂产品，比例会相对高些。

其二，固定费用。针对一些业务量稳定、操作简单的订单，代理公司可能收取固定费用，比如一票订单收取2000 - 5000元，不受订单金额影响。

其三，部分代理公司会在基本代理费基础上，根据出口收汇金额给予一定比例的退税补贴，但这种方式相对较少。

选择代理公司时，不能仅看收费，还要考量其服务质量、信誉等。

有些出口代理公司会根据出口货物的数量来收费，比如每箱或者每吨收取一定费用，适用于货物规格比较统一的情况。

还有按服务项目收费的，像报关、订舱、拖车等每个环节分别计费，这种方式适合对出口流程各环节有明确需求的企业。

有的出口代理公司会根据操作难度收费，如果涉及特殊单证办理、复杂的贸易条款，收费会增加。

一些代理公司会在基础收费上，对加急业务收取额外费用，毕竟加急需要投入更多人力和资源。

另外，长期合作的客户，部分代理公司可能会在收费上给予一定优惠，以维持合作关系。

若出口货物需要特殊运输条件，像冷链运输等，代理公司会因增加的成本而提高收费。

如果出口目的地清关难度大，代理公司可能会提高收费来应对潜在风险。

有的代理公司会根据汇率波动情况调整收费，以避免自身因汇率变动造成损失。