在北京，进出口代理费的收取方式较为多样。常见的一种是按货值的一定比例收取，比例通常在0.5% - 5%不等，具体会因货物的种类、复杂程度等有所不同。比如普通日用品类货物，代理费比例可能相对低些；而高价值、监管条件复杂的货物，比例会高。

还有一种是按票收费，一票业务收取固定费用，一般在2000 - 5000元左右，这种方式适用于货值不高但手续较繁琐的业务。另外，可能会有一些实报实销的费用，如报关费、文件费等，这些并非隐藏费用，合作时一般会提前说明。像中贸达等正规代理公司，都会在合作前与客户明确收费明细，避免纠纷。

有些代理公司会根据进出口业务涉及的环节数量收费，环节越多，费用越高。比如涉及报关、报检、运输等多个环节，费用肯定比只做报关要高。

除了常见收费，可能会有特殊情况收费。比如遇到查验，产生的查验费用可能会由委托方承担，不过事先会沟通。

收费还和代理公司自身定位有关，一些大型、服务全面的代理公司收费可能相对高些，但服务质量也更有保障。

要是长期有进出口业务，和代理公司谈个打包价也不错，这样总体费用可能更划算。

有时候货物需要做特殊处理，像熏蒸、消毒等，这部分费用也会加在代理费里。

市场竞争也会影响收费，在业务淡旺季，代理费可能会有一定波动。

如果货物需要加急处理，代理公司可能会收取加急费用。

另外，不同口岸的操作成本有差异，代理费也会受到影响。