代理进出口公司做账，首先在代理进口时，收到委托方款项，借记“银行存款”，贷记“预收账款 - 委托方”。采购货物支付货款，借记“预收账款 - 委托方”，贷记“银行存款” 。涉及关税、增值税等税费，关税计入采购成本，借记“预收账款 - 委托方”，贷记“银行存款” ；增值税若委托方是一般纳税人可抵扣，借记“应交税费 - 应交增值税（进项税额）”，贷记“预收账款 - 委托方” 。

代理出口时，收到出口货款，借记“银行存款”，贷记“应付账款 - 委托方” 。支付国内运费等，借记“应付账款 - 委托方”，贷记“银行存款” 。计算应收代理费，借记“应付账款 - 委托方”，贷记“其他业务收入” 。最后与委托方结算，多退少补。

总之，要清晰区分与委托方的资金往来，准确核算各项税费及代理费。

代理进出口公司做账要注意汇率变动。在进出口业务中，结算货币往往不是人民币，要按交易日即期汇率或合理汇率折算记账本位币金额，汇率变动产生的差额计入财务费用 - 汇兑损益。

对于代理进出口业务中涉及的佣金，若有明佣，直接从货款中扣除；暗佣则在收到货款后单独支付，支付时借记“应付账款 - 委托方”，贷记“银行存款” 。

在代理进口业务里，如果货物出现质量问题需退换货，账务处理要根据实际情况调整，已付货款及税费等要相应冲回或调整。

代理出口业务中，申报出口退税是关键环节。若委托方符合退税条件，由委托方申报退税，代理公司协助提供资料，不涉及退税账务处理；若代理公司自己退税，要按规定流程核算和申报。

在记账凭证的摘要编写上，要详细注明业务内容，如代理进口某公司何种货物、代理出口某批货物及相关业务阶段等，方便日后查账和财务分析。

代理进出口公司需定期与委托方核对账目，确保双方数据一致。核对内容包括款项收付、货物数量、代理费计算等，发现差异及时沟通调整。

在设置会计科目时，可根据公司业务特点在一级科目下设置合适的二级、三级明细科目，像“预收账款 - 委托方 - 某公司”“应付账款 - 委托方 - 某公司” 等，便于清晰核算不同委托方业务。

在成本核算方面，代理进出口公司除了货物成本，还应将代理费核算准确。代理费要依据合同约定，按适当方法分摊到各笔业务中。