代理出口存在一些弊端。首先在资金方面，代理公司可能会占用出口企业资金。比如货款到账后，代理公司因自身财务流程等原因，未能及时将款项转至出口企业，影响企业资金周转。

其次，信息保密性存疑。代理公司会接触到出口企业的客户资料、产品信息等商业机密，若代理公司管理不善或人员职业道德缺失，可能导致信息泄露，使出口企业失去客户资源或面临产品被抄袭风险。

再者，沟通协调成本较高。出口流程涉及多个环节，代理公司与出口企业可能因沟通不畅，导致交货延迟、单据处理失误等问题，影响出口业务顺利进行。

另外，风险承担分配不均，当出现货物质量纠纷等问题时，虽然名义上代理公司不承担实质责任，但可能会在处理过程中推诿，最终还是出口企业承受主要损失。

代理出口可能出现代理公司专业能力不足的情况。如果代理公司对出口目的国的政策法规、贸易习惯不熟悉，可能导致清关受阻，产生额外费用。比如不了解某些国家对特定产品的认证要求，货物到港后无法顺利通关。

选择代理出口，企业可能对出口流程的掌控力减弱。企业依赖代理公司操作，自身对国际市场变化、贸易条款等的熟悉程度受限，不利于企业自身外贸人才培养和长期发展。像一些企业后续想自己开展出口业务，却发现缺乏相关经验。

代理出口可能面临代理公司资质问题。若代理公司经营不善面临倒闭，出口业务可能戛然而止，企业的货物、货款等都可能陷入困境，比如货物滞留在港口，无人处理后续事宜。

在利润分配上，代理出口会增加成本。企业要向代理公司支付代理费，这会压缩利润空间。如果代理费计算不合理，企业成本会大幅增加，影响产品价格竞争力。

有时代理公司为了自身利益，可能不会完全按照出口企业的要求去处理业务。比如在选择运输方式、货代等方面，可能选择对自己有利而非对企业最有利的方案。

合作过程中，若代理公司与出口企业对于某些责任界定不清晰，出现问题时容易相互扯皮，耽误问题解决时间，影响业务进展。像货物运输途中损坏，双方都不愿承担责任。

代理出口可能存在信息传递延迟的情况。市场瞬息万变，当市场价格、客户需求等信息不能及时准确传递给出口企业，企业可能错过最佳决策时机。

有些代理公司在退税环节可能不专业或操作不规范，导致退税延迟甚至无法退税，给出口企业带来经济损失。