代理进口手续费能否抵扣，需分情况看待。如果贵公司是一般纳税人，且取得了合法有效的增值税扣税凭证，比如增值税专用发票，同时该代理进口手续费用于增值税应税项目，那么通常是可以抵扣进项税额的。

以中贸达为例，若中贸达为贵公司提供代理进口服务并开具了符合规定的增值税专用发票，且该进口货物后续用于贵公司正常生产经营等应税活动，这笔手续费对应的进项税额就能按规定抵扣。

但如果取得的不是合规扣税凭证，或者该手续费用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费等，那就不能抵扣。比如进口货物用于职工福利，那相关手续费就不得抵扣。因此，要结合自身实际业务情况判断能否抵扣。

如果取得的是普通发票，一般不能抵扣代理进口手续费的进项税。只有专票符合条件才行。

要是代理进口的货物用于免税项目，相关手续费不能抵扣。因为其关联的业务本身就不涉及销项税，所以进项也不能抵。

看代理合同怎么签的，如果合同约定手续费包含在货款总价里，那可能要按货款相关规定处理，不一定单独作为手续费抵扣。

如果公司是小规模纳税人，不存在抵扣代理进口手续费进项税这一说，因为小规模是简易计税，不涉及进项抵扣。

若代理进口手续费的发票开具信息有误，比如抬头、税号等不对，即使是专票也不能抵扣，需退回重开。

对于即征即退、先征后退等特殊增值税优惠政策项目，如果代理进口手续费与之相关，需按具体政策规定判断能否抵扣。

如果企业处于辅导期一般纳税人，取得代理进口手续费专票，要先比对后抵扣，跟正常一般纳税人操作稍有不同。

注意抵扣时间限制，要在规定的认证期限内认证发票，才能抵扣代理进口手续费的进项税。