代理进口损耗的处理需分情况。首先看合同约定，若合同明确规定了损耗承担方，按合同执行。比如合同约定由进口方承担合理损耗，那就进口方负责。

若合同无明确约定，对于合理损耗，一般由进口方承担。因为合理损耗在正常业务预期内，像某些易挥发液体货物在运输中的少量挥发。处理账目时，将损耗成本分摊到实际入库货物成本中，增加单位成本。和供应商沟通时，提供详细损耗说明及相关证明，如运输途中温湿度记录等，争取供应商理解。

对于不合理损耗，需查明原因。若是代理方责任，如操作失误导致货物损坏，代理方应承担赔偿责任；若是运输方责任，可向运输方索赔。总之，明确责任是关键，依据实际情况妥善处理。

可以先和代理方协商，看能否双方分担损耗，毕竟合作关系也很重要，这样既能维持良好合作，又能减轻一方负担。若双方协商不成，再根据责任归属确定承担方。

保留好所有与损耗相关的证据，如货物照片、检测报告、运输单据等。这些证据在确定责任和与各方沟通时很有用，有助于清晰说明损耗情况。

若损耗是因不可抗力造成，如自然灾害，通常按公平原则处理。进口方、代理方和供应商可共同协商解决方案，比如各自承担一部分损失。

向专业的贸易顾问咨询，他们有丰富经验，能根据具体情况给出更准确建议，比如如何界定合理损耗范围及责任归属等。

建立损耗预警机制，在进口过程中实时监控货物状态。一旦发现可能出现较大损耗，及时采取措施，如调整运输条件等，减少最终损耗。

对于可修复的货物损耗，评估修复成本。若修复成本低于重新采购，可安排修复，降低整体损失。

从保险角度考虑，查看进口货物是否投保。若有，向保险公司报案，按保险条款申请理赔，弥补损耗造成的部分损失。

在后续进口业务中，总结此次损耗经验教训。优化代理协议条款，明确损耗处理方式，避免类似争议再次发生。