农产品出口代理费的计算通常没有固定标准，一般由以下几部分构成。首先是基础代理费，这部分常见按出口货值的一定比例收取，比例多在1%-5%之间，具体取决于农产品的种类、市场行情及业务复杂程度等。比如一些常见且市场稳定的农产品，比例可能低些；而特殊或新兴农产品，比例会稍高。

其次是操作费，涵盖报关、报检、订舱等实际操作环节产生的费用，多为固定金额，几百到数千元不等。

再者，若涉及特殊服务，像办理原产地证书、质量认证等，会单独收费。另外，汇率波动较大时，可能还会有汇率调整费。总之，具体计算需与代理公司根据实际业务协商确定。

一般代理费和出口额挂钩，出口额高的话，代理费比例能谈低些，比如出口量大的水果，代理费比例可能接近1% 。

有些代理公司会根据服务项目来算，比如只负责报关，费用就按报关这一项来定，相对简单明了。

还得看农产品的附加值，附加值高的，代理费比例可能也会高一点，像一些有机农产品。

如果长期有出口业务，和代理公司签长期合作协议，代理费或许能拿到更优惠的价格。

不同地区代理收费也有差异，沿海出口发达地区竞争激烈，代理费相对低些。

要是农产品出口手续简单，代理费也会少，像普通粮食出口可能比特色加工农产品费用低。

有时候代理公司会综合考虑风险，风险高的农产品出口，代理费也会相应增加。

可以多找几家代理公司询价对比，这样能大概了解市场行情，避免被坑。