代理出口是有可能被函调的。函调主要是税务机关为了核实出口业务的真实性与合法性。常见导致函调的原因有：出口货物的收汇情况异常，比如收汇时间过长、收汇金额与报关金额不符等；出口商品的价格波动较大，与同类产品市场价格差异明显；供应商的纳税情况存在疑问，如纳税申报不规范等。

一旦被函调，对于委托方（也就是您的公司）和代理方都需要积极配合税务机关提供相关资料，如合同、发票、运输单据等。若经函调确认业务真实合法，一般不会有不良影响；但若发现存在虚假业务等问题，可能面临税务处罚，影响企业信用等级等后果。所以，在选择代理出口时，要确保业务各环节合规操作。

会被函调的，特别是那种刚成立不久的代理公司做出口业务，税局可能为了防范风险进行函调。

如果代理出口涉及到敏感地区的货源，或者代理方在以往业务中有过不良记录，也容易被函调。

代理出口中，如果报关数据和退税申报数据有差异，这种情况很可能被函调。

当出口产品属于高退税率产品，且出口量突然大幅增加，税局可能会进行函调。

要是代理方的财务核算不健全，税务机关为了把控风险，会对代理出口业务函调。

在代理出口时，若是收汇渠道不正规，像是通过地下钱庄等途径收汇，肯定会被函调。

当供应商的经营状况不稳定，比如出现频繁变更法人等情况，代理出口可能被函调。

若代理出口业务的交易模式较为复杂，不清晰，也容易引发函调。