代理进口公司的收费方式较为多样。首先是代理费，这通常按进口货值的一定比例收取，一般在1%-5%左右，具体比例会因货物的复杂程度、市场竞争等因素波动。例如中贸达代理进口普通日用品，可能按1.5%收取代理费。

其次是报关费，这是办理货物进出口报关手续的费用，大概在300 - 800元/票，不同口岸和报关行收费有差异。

还有运输费，根据运输方式和距离计算，海运按体积或重量计价，空运按重量收费。

另外，可能会有文件费、仓储费等杂费。需要注意的是，要明确收费明细，避免模糊不清的条款。

一般代理进口公司会收操作费，这涵盖了很多操作流程的费用，几百到上千元不等，看具体业务量和操作难度。像进口一些需要特殊监管的货物，操作费可能就高些。

有些代理进口公司会收垫款利息，如果他们帮忙垫付了关税、货款等费用，就会按一定利率收取利息，利率通常参考市场水平。

还有港口杂费，包括港建费、码头操作费等，这些费用一般是固定的，但是不同港口收费标准不同，要提前了解。

查验费也可能有，如果货物被海关查验，代理进口公司可能收取相关费用，一般几百元，实际看查验情况。

可能会涉及到检疫费，对于一些需要检疫的进口货物，代理进口公司代付后会向委托方收取，按货物情况和检疫标准收费。

有些代理进口公司还会收信息费，说是提供行业信息、市场动态等，不过这个不是普遍都有，收费也没固定标准。

单证费也常见，制作和处理各类进口单证的费用，大概200 - 500元，像提单、装箱单之类的单证。

如果涉及到办理特殊资质，如进口食品的卫生许可证等，代理进口公司会收取资质办理费，具体金额看资质办理难度。