代理出口公司缴税涉及多个方面。首先是增值税，若代理出口公司仅收取代理费，不垫付资金，销售方开具发票给委托方，这种情况下代理公司仅就代理费按“商务辅助服务 - 经纪代理服务”缴纳增值税，税率一般为6% 。如果是自营出口业务，就需按规定申报出口退税或缴纳增值税。

其次是企业所得税，以公司的应纳税所得额为计税依据，按25%的税率缴纳（符合小型微利企业等优惠条件的，适用相应优惠税率）。

还有城市维护建设税、教育费附加等附加税费，以实际缴纳的增值税、消费税税额为计税依据，城市维护建设税按市区7%、县城和镇5%、其他地区1%的税率征收，教育费附加率为3%，地方教育附加率一般为2% 。

印花税也不能忽略，代理出口合同通常要按“技术合同”税目缴纳印花税，税率为万分之三。不过各地执行细节可能有差异，具体可以咨询当地税务机关。

代理出口公司若涉及进口代理业务，还可能涉及关税等，由委托方承担相关税费，但代理公司需协助办理相关手续。

如果代理出口公司代收代付海运费等费用，只要能提供合法有效凭证，不属于价外费用，无需缴纳增值税。

对于消费税应税货物的代理出口，若委托方是生产企业，一般由委托方直接办理消费税的退税或缴纳；若委托方是外贸企业，代理出口公司无需缴纳消费税，但要配合做好相关手续。

代理出口公司在确定纳税义务发生时间时，增值税方面，收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天为纳税义务发生时间，先开具发票的，为开具发票的当天。

企业所得税方面，应按权责发生制原则确认收入，在年度终了后进行汇算清缴。所以平时要准确核算收入、成本、费用等项目。

在出口退税申报时，要严格按照税务机关规定的时间和流程操作，准备好相关单证资料，不然可能影响退税进度，甚至影响公司税务信用等级。

代理出口公司在税务处理上要注意和委托方明确税费承担等相关事项，避免后续产生纠纷。同时要及时关注税收政策变化，以便准确纳税。