进口代理清关费用的承担主体，通常由进口商和代理公司在合同中约定。一般情况下，若双方无特别约定，进口商需承担清关产生的基本费用，比如报关费、税费、查验费等。这是因为进口商是货物的最终利益相关者。

不过，有些代理公司会提供全包服务，即代理公司收取一笔综合费用，涵盖清关及相关杂费，这种情况下清关费用就由代理公司负责处理。

另外，不同商品类别可能会因监管要求、税率等不同，影响清关费用的具体数额，但不改变费用承担的主体约定原则。所以，关键是在合作前，双方要明确费用承担方式，以合同形式固定下来，避免纠纷。

如果代理合同中约定是实报实销模式，那进口商按代理公司实际支出支付清关费用。

要是代理在清关过程中因自身失误产生额外费用，一般应由代理自己承担。

有些进口业务，供应商可能会和进口商协商分担部分清关费用，这得看双方合作协商情况。

若是涉及到转关等特殊清关操作，相关增加的费用也需提前在合同里明确谁来承担。

对于一些有特殊监管条件的商品，产生的特殊清关费用，也按事先合同约定的主体承担。

如果进口商委托代理做门到门服务，代理通?；岚骞胤延?，由代理承担清关成本。

当市场行情变动导致清关费用波动，合同若没特殊约定，一般还是进口商承担费用变化。

有时候为了促成合作，代理公司可能会主动承担部分清关费用，具体看双方谈判。