代理出口货运涉及的税种主要有增值税及附加税等。对于增值税，一般情况下，如果代理方仅收取代理费，货物出口环节增值税由委托方办理出口退税，代理方就代理费按“商务辅助服务 - 经纪代理服务”缴纳增值税，一般纳税人税率为6%，小规模纳税人征收率为3%（目前因政策可能有优惠）。

若代理方以自己名义出口货物并报关，这种情况下代理方作为出口销售主体，要按规定申报缴纳增值税，出口货物适用退（免）税政策的，可按规定申报出口退（免）税。

附加税方面，是以实际缴纳的增值税为计税依据，城市维护建设税按所在地区不同税率分为7%（市区）、5%（县城、镇）、1%（其他地区）；教育费附加率为3%，地方教育附加率一般为2% 。

在实际操作中，要先确定是纯代理收取代理费，还是以自己名义出口。前者只针对代理费交税，流程相对简单；后者涉及出口退税申报等复杂流程，需及时关注税务政策变化。

注意区分贸易方式，一般贸易和进料加工等不同贸易方式，在交税和退税处理上有差异。比如进料加工，在料件进口和成品出口环节税收处理就不一样。

办理代理出口货运交税，相关单证要妥善保管，像代理出口协议、报关单、发票等，以备税务机关核查。

若委托方是小规模纳税人，代理出口时可能无法享受出口退税政策，代理方交税方面也需按相应规定处理。

及时进行纳税申报很重要，要按照规定的申报期限，准确填写纳税申报表，别逾期导致产生滞纳金等情况。

关注当地税务机关的辅导培训信息，参加相关培训有助于更准确掌握代理出口货运交税政策和操作流程。

如果涉及消费税应税货物代理出口，还需关注消费税相关政策，部分情况可办理消费税退税。

在账务处理上，要清晰核算代理费收入及相关税费，做到账目清晰，避免税务风险。