1、报关

货主或其代理人应在种牛进境前30天，向入境口岸隶属海关和指运地隶属海关报关，并提交《检疫许可证》、合同等单据，每份《检疫许可证》只允许单次使用。

2、单证审核

海关工作人员在受理时应当审核货主或代理人提交的申报资料完整性、有效性和一致性。

3、审单布控

通过新一代查管系统对检验检疫项目、抽样比例、实验室检测项目等进行布控。

4、许可证核销

进境口岸海关受理申报后，登录海关总署进境动植物检疫审批管理系统对进境动物数量进行核销。

5、查验准备

包括审核相关单证，查阅相关资料，了解产地疫情，根据进境动物来源确定查验重点；确定检测项目；落实现场查验时间、地点和采样事宜；准备登轮（机、车）防护服、通讯工具和现场检疫工具；实验室检疫准备工作。

6、现场检验检疫

对入境运输工具停泊的场地、所有装卸工具、中转运输工具进行消毒处理。上下运输工具或者接近动物的人员接受海关的监督实施防疫消毒。

动物到达后，海关工作人员登机（轮、车）核查输出国官方检疫部门出具的有效动物检疫证书，查验动物数量、品种是否相符，并从监管人员库随机抽取2名以上具备专家岗查验资质关员实施检验检疫工作，登机（轮、车）清点动物数量、品种，逐头进行临床检查。

经现场临床检疫合格后，同意卸离运输工具，同时派专人随车押运或加施海关铅封，将动物运输到指定的隔离检疫场。

7、隔离检疫

种牛隔离检疫期为45天，如需延长的，须由直属海关报海关总署批准。

所有装载动物的器具、铺垫材料、废弃物均须经消毒或无害化处理后，方可进出隔离场。

饲养、管理人员必须经县级以上医院体检合格后，方可进入隔离场从事隔离饲养管理动物工作。

隔离检疫期间，海关按照GB/T18088的标准、《检疫许可证》的要求及年度计划开展相关采样检测。