在代理进口业务中，关税的申报主体通常是进口货物的收货人或其代理人。如果是以代理方式进口，那么在代理协议中应该明确规定关税的承担方和申报方。一般情况下，有以下两种常见模式：

第一种模式是委托方承担关税，代理方负责代为申报缴纳。这种模式下，代理方按照委托方的指示办理报关手续，并根据海关的要求提供相关资料和文件，委托方则承担关税及其他相关费用。

第二种模式是代理方承担关税，并将其计入进口成本中，然后再与委托方进行结算。这种模式下，代理方需要对关税的计算和缴纳负责，并确保符合相关法律法规的要求。

在实际操作中，双方应根据具体情况和商业谈判结果，在代理协议中明确规定关税的承担和申报方式，以避免后续可能产生的纠纷。

一般来说，委托方和代理方可以在合同中约定关税的申报事宜，按照约定执行即可。

若合同未明确，可协商确定。通常是进口货物的收货人负责关税申报，代理方协助。

在代理进口业务中，关税申报主体的确定要依据具体情况和双方协议来定。

有些情况下，海关可能会根据货物的实际情况确定关税申报主体，双方需按海关要求办理。

无论是委托方还是代理方申报关税，都要遵守相关法律法规，确保申报准确无误。