货物运输代理出口业务交税，主要涉及增值税。根据相关规定，纳税人提供货物运输代理服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额。

一般纳税人适用税率为6%，小规模纳税人征收率为3%（在一些优惠政策期间可能有调整）。计税依据就是上述计算得出的销售额。

同时，若有签订相关合同，还可能涉及印花税，比如货物运输合同，按运输费用的0.05%贴花；仓储保管合同，按仓储保管费用的0.1%贴花等。此外，企业经营产生利润，还需缴纳企业所得税，税率一般为25%，小型微利企业有相应优惠税率。要注意准确核算各项业务，按规定申报纳税，避免税务风险。

除了上面说的，还得留意附加税费，像城市维护建设税，市区7%，县城、镇5%，其他地区1%，以增值税税额为计税依据。教育费附加3%，地方教育附加2%，同样以增值税税额为计税依据。

印花税方面，若是签订代理合同，通常不属于印花税应税凭证，不用缴纳印花税。但要是合同性质模糊，建议咨询当地税务机关确认，以免漏缴。

在增值税申报时，要准确填写相关报表。小规模纳税人填写增值税纳税申报表（小规模纳税人适用），一般纳税人填写增值税纳税申报表（一般纳税人适用）及附列资料。

货物运输代理出口若涉及国际运输代理服务，符合条件可享受增值税免税政策，需按规定向税务机关进行免税备案。

企业所得税预缴时，按实际利润额预缴。年终汇算清缴，多退少补，要准确核算各项收入、成本、费用等。

对于代收代付的款项，一定要有清晰的账务记录和相关凭证，避免与应税销售额混淆，影响增值税计算。

要是公司有进出口经营权，还得关注关税问题。不过货物运输代理出口本身一般不直接涉及关税缴纳，主要由进出口货物的收发货人缴纳。

日常要保存好各类税务相关的发票、合同等资料，以备税务机关检查，确保税务处理合规。