进出口退税代理的收费没有统一标准，常见收费方式有两种。一种是按单收费，一般在1000 - 5000元/单不等，业务简单、退税金额少的可能1000元左右，业务复杂、涉及金额大的可能接近5000元甚至更高。另一种是按退税金额的比例收费，比例通常在3% - 15%之间。若退税金额高，按比例收费可能更划算；业务量小且退税金额少，按单收费也许更合适。此外，影响收费的因素还包括企业进出口业务量、交易复杂度、单证数量等。比如企业业务频繁、单证多，代理难度大，收费可能就高些。找代理时，别只看价格，服务质量、专业度也很重要。

收费还得看地区，经济发达地区人力成本高，收费会偏高一点。像沿海大城市，按单收费可能普遍2000元起，按比例收费下限可能也在5%左右。

如果企业自身账目清晰，资料准备齐全，那代理操作起来轻松，收费可能就低。要是企业资料混乱，代理要花大量时间整理，收费肯定会增加。

不同规模的代理公司收费也有差异。大公司可能因为品牌、服务体系完善，收费相对高些；小公司为吸引客户，价格可能有优势，但服务质量未必有保障。

有些代理公司还会根据企业的行业特性收费。比如外贸新兴行业，业务处理难度大，收费会比传统外贸行业高。

要是企业长期有进出口退税业务，和代理公司谈长期合作，说不定能争取到更优惠的价格，不管按单还是按比例收费都可能有折扣。

近期政策变动对收费也有影响。若退税政策调整频繁，代理公司需投入更多精力研究适应，收费可能会上调。

还得看代理提供的附加服务，比如提供税务咨询、风险预警等额外服务，收费会比单纯办理退税业务高一些。

如果企业有特殊要求，像加急办理退税，代理公司会因增加人力成本等因素，适当提高收费。