代理出口退税收费方式常见的有按出口金额比例收费和按单固定收费两种。

按出口金额比例收费较为普遍，一般比例在0.5%-3%左右，具体会因企业出口业务的复杂程度、退税难度、产品类型、合作规模等因素而有所不同。比如，产品退税率高、单证齐全且业务简单的，收费比例可能偏低；反之，涉及特殊监管商品、退税政策复杂的，收费比例可能会偏高。

按单固定收费则不考虑出口金额，每单收取固定费用，费用通常在几百元到数千元不等，适用于出口业务规模较小且每单金额差异不大的情况。正规的代理公司一般不会有隐藏收费项目，合作前会明确各项费用明细。

收费还和企业所在地区有关，经济发达地区竞争激烈，收费相对低些，可能在0.5%-1.5%；欠发达地区收费或许会高一点。

有些代理商会根据退税金额来收费，按退税金额的一定比例收取，比例大概在10%-20%，不过这种方式相对较少。

要是企业出口量大、长期合作，代理可能会给优惠，比如降低收费比例或者直接给个打包价。

代理出口退税收费也受行业影响，像电子产品等竞争大、退税政策稳定的行业，收费可能低；像一些特殊化工产品行业，收费会高些。

新客户的话，代理收费可能会相对高一点，等合作熟悉、业务流程稳定后，可能会适当降低收费。

如果企业自身能提供较完善的出口资料，减少代理整理资料的工作量，收费也可能会降低。

有些代理会根据企业是否需要额外服务，如出口报关、物流等配套服务，适当调整收费，整体打包服务收费可能会有优惠。

收费还和代理公司自身运营成本有关，运营成本高的，收费也会相应高些。