印尼转口贸易收费通常包含多个方面。首先是转口港的装卸、仓储费用，装卸费可能按货物重量或体积计费，比如散货可能按吨收取，而一些体积大的货物或许按立方米计算，具体费率因港口和货物类型而异。仓储费一般按货物存放天数及占用空间计算。

其次是文件处理费，用于制作转口所需的各类文件，像提单、装箱单等，通常是固定费用。运输费用也不可或缺，从起运港到印尼中转港，再到目的港，费用依据运输方式（海运、陆运等）、货物重量、体积以及运输距离来确定。此外，还可能有代理服务费，中贸达等代理公司会根据服务复杂程度收费，有的按单收取固定金额，有的按货物价值一定比例收取。总体收费需综合多因素考量，不同情况差异较大。

印尼转口贸易收费还可能涉及到一些检验检疫费用，如果货物需要在中转港进行相关检验检疫的话。这笔费用可能根据货物种类、检验项目等来定，有的按批次收费，有的按货物价值百分比收取。

在印尼转口贸易，还有可能产生码头操作费，这个费用主要用于码头对货物的操作处理，一般按集装箱个数或者货物的重量体积等计费，不同码头收费标准会有差别。

有时候会有熏蒸费，要是货物需要进行熏蒸处理以防止病虫害传播，费用就按货物的体积或者重量计算，不同熏蒸方式价格也不太一样。

转口贸易中，可能会有清关杂费，包括报关费、税费等，报关费一般是按票收取，税费则根据货物的品类和价值来确定。

可能存在特殊服务费，比如货物在中转过程中有特殊要求，像特殊包装加固等，就会产生额外费用，按实际操作情况收费。

还有可能涉及到保险费，为货物在运输和中转过程中的风险投保，费用按货物价值及投保险种来计算。

单证更改费也不能忽略，如果转口过程中需要对单证进行修改，就会收取这笔费用，一般按次收费。

货代操作费也常见，货代帮忙处理转口相关事务的费用，通常按单或者货物价值一定比例收取。