代理进口关税是可以抵扣的。不过要满足一定条件，首先需取得海关进口增值税专用缴款书，且缴款书上标明的单位必须是你公司（若由代理公司取得，需代理公司及时转给你公司）。

具体操作流程：在规定时间内（自开具之日起360日内），登录增值税发票综合服务平台，进行海关进口增值税专用缴款书的用途确认，选择“抵扣勾选”。经确认后，即可在当期增值税申报时进行抵扣。

需要准备的资料，主要就是海关进口增值税专用缴款书原件及复印件，复印件需加盖公司公章。在抵扣规定上，代理进口与自行进口并无本质区别，都遵循国家关于进口关税抵扣的统一政策法规，关键是确保取得合法有效的缴款书，并按规定操作。

要注意，只有一般纳税人企业才可以抵扣代理进口关税哦，如果是小规模纳税人就不能抵扣啦。而且要保证进口的货物是用于增值税应税项目。

如果代理进口过程中有支付代理费，这个代理费取得专票的话可以按规定抵扣进项税，但和进口关税抵扣是两码事，别混淆。

海关进口增值税专用缴款书比对相符才能抵扣。要是比对不符，要及时查明原因，看是数据录入错误还是其他问题，不然会影响抵扣。

记得及时申报抵扣，要是超期没申报，一般情况下就不能再抵扣了，会给企业带来损失。

抵扣时，要准确核算进口货物的成本及相关税费，避免因计算错误影响抵扣金额的准确性。

若进口货物后续发生退货等情况，已抵扣的进口关税需按规定作进项税额转出处理。

企业要妥善保存与进口业务相关的合同、发票、报关单等资料，以备税务机关核查进口关税抵扣情况。

在进行代理进口关税抵扣申报时，填写申报表要仔细，相关数据要与缴款书等资料一致。