进口材料代理费一般应计入材料成本。根据会计准则，存货的采购成本，包括购买价款、相关税费、运输费、装卸费、保险费以及其他可归属于存货采购成本的费用。代理费属于为使材料达到可使用状态而发生的必要支出，所以计入材料成本较为合适。这样处理能准确反映材料的实际成本，符合成本核算的准确性原则。例如，进口材料价值100万元，代理费5万元，那么这批材料的入账成本就是105万元。计入材料成本后，随着材料的领用，其成本会逐步分摊到生产成本或其他相关成本费用中。

如果计入销售费用等其他科目，会导致材料成本核算不准确，进而影响产品成本计算以及利润核算的准确性。

通常情况下，如果代理费金额较小，对材料成本影响不大，也可简化处理计入当期损益，比如管理费用。但这种做法要基于重要性原则，判断金额对整体成本核算的影响程度。

要是这笔代理费与销售环节有紧密联系，比如是为了销售进口材料而额外产生的代理费用，那也可以考虑计入销售费用，不过这种情况相对较少。

如果进口材料用于在建工程等特定项目，代理费应跟随材料计入相应的在建工程成本，最终形成资产价值。

从实务角度看，先判断代理费的性质与用途。若主要围绕材料采购发生，就计入材料成本；若与后续经营环节关联大，再考虑其他合适科目。

还得看公司一贯的会计处理习惯，如果之前类似费用都按某一方式处理，且符合准则要求，也可延续该做法。

若代理费是因材料的特殊检验、检疫等产生，也应计入材料成本，因为这属于使材料达到可使用状态的必要支出。

要是代理费有明确的合同约定用途，按照合同约定来确定计入科目会更准确。

可以咨询当地税务机关，了解在税务处理上对于进口材料代理费计入科目的倾向，避免税务风险。