代理出口运费的处理，首先要看代理协议的约定。如果协议明确规定运费由委托方（即贵公司）承担，那么在财务记账时，这部分运费通常计入销售费用。若由代理方承担，代理方一般会将其计入业务成本。

对于运输中产生的额外运费，同样按协议处理。若协议未明确，双方需协商确定承担方。

税务方面，如果贵公司承担运费且取得合规运输发票，一般纳税人可按9%计算抵扣进项税额。若代理方承担运费，且符合相关规定，代理方也可进行相应税务处理。总之，要以协议为基础，遵循财务和税务相关规定来处理代理出口运费。

如果是FOB条款，通常由买方负责运费，你们就不用过多操心运费处理问题。要是CIF或CFR条款，一般由卖方承担运费，具体看代理协议怎么划分责任。

额外运费若因不可抗力等非人为可控制因素产生，建议双方协商分担。若因某一方过错导致，过错方承担更合理。

财务记账时，要保留好运费相关凭证，以便准确核算和后续税务处理。对于税务抵扣，一定要取得合法有效的发票。

跟代理方沟通很重要，在代理出口前就应把运费相关细节敲定，避免后续扯皮。明确好各自责任，处理起来就会简单很多。

如果你们自行承担运费，在安排运输时可以多对比几家物流公司，争取拿到更优惠的价格，降低成本。

对于运费涉及的税务申报，要及时准确，按规定填写相关报表，避免出现税务风险。

要是代理方垫付了运费，要及时跟代理方结算，同时做好相关账目记录。

可以建立一个运费台账，记录每笔运费的发生时间、金额、承担方等信息，方便管理和核对。