代理出口申报退税流程确实与自营出口有差异。首先，委托方需取得代理出口货物证明，由受托方即代理公司在货物报关出口之日次月起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期内，向主管税务机关申请开具。

其次，委托方凭代理出口货物证明、出口货物报关单等资料申报退税。所需资料一般包括代理出口协议副本、出口货物报关单、出口发票等，具体按当地税务机关要求准备。

申报时要注意时间限制，避免逾期无法退税。同时，确保各项资料真实、准确、完整，否则可能导致退税申请不通过。另外，若代理出口业务存在特殊情况，如视同出口等，需按相关规定进行特殊处理。

代理出口申报退税，资料准备一定要齐全，缺任何一项都可能影响退税进度。像出口收汇凭证，有些情况虽可先不提供，但后续还是得补齐，所以要及时关注收汇情况并准备好相关凭证。

要注意代理出口协议里关于退税相关责任的划分，明确双方权利义务。如果因为一些责任界定不清的问题，在退税过程中出现麻烦，就容易产生纠纷。

申报退税系统操作也得熟悉，在录入数据时要仔细核对，比如报关单号码、金额等关键信息，一旦录入错误，很可能导致申报失败。

对于委托方来说，收到代理方转来的各类单证后，要及时整理并申报退税。拖延时间不仅可能错过退税期限，还可能因政策变动等因素影响退税。

在货物出口后，要密切跟踪物流信息，确保货物真实出口且运输过程无异常。这在税务核查时可能会涉及到，能证明出口业务真实性。

如果出口货物涉及到消费税，代理出口申报退税时，还得按规定办理消费税退税，其流程和资料要求与增值税退税有区别，要格外注意。

关注当地税务政策变化，不同地区可能在代理出口退税申报细节上有差异，及时了解政策调整，能保证申报顺利进行。

与代理公司和税务机关保持良好沟通很重要。若申报过程中有疑问，及时咨询，避免因理解偏差导致申报失误。