根据您提供的情况,建议您采取以下步骤:
1. 联系报关行或海关,了解是否可以重新报关并更改第一计量单位为千克。如果可以,您可以重新报关,以便能够录入上海退税系统。
2. 如果海关无法更改第一计量单位,您可以向相关机构提交书面申诉,并提供相关证据,如商检凭证、上海退税系统改变前的证据等。
3. 如果以上解决方法都无法奏效,您可以咨询相关律师,了解是否可以通过法律程序来解决此问题。
建议您在处理此类问题时与专业机构或律师合作,以确保问题的快速解决。同时也需要注意,在未取得税务局的批准之前,在退税系统中录入与实际数据不符的信息可能会对您的企业造成法律风险。