一般来说，代理出口退税的款项去向分两种情况。如果是由代理公司办理退税申报并取得退税款，在代理协议无特殊约定时，退税款会先退到代理公司账户，然后代理公司再按照协议规定，将相应款项转付给委托方公司。这种情况较常见，代理公司负责整个退税流程操作，掌握退税进度。

另一种情况，若委托方符合一定条件，如具备自行申报退税能力等，经税务机关批准，可由委托方自行申报退税，此时退税款就直接退到委托方公司账户。具体退到哪里，需看代理协议约定以及实际退税申报主体。建议你仔细查看与代理公司签订的协议，明确双方权利义务，避免后续纠纷。

通常代理出口，只要协议没特别说明，退税是先到代理公司账上，毕竟代理帮忙处理退税手续，之后再转给委托方。

如果委托方和代理公司在协议里规定退税款直接退给委托方，并且委托方满足自行申报条件，税务审核通过，就会直接退到委托方账户。

实际操作中，若代理公司信誉好，流程规范，不管退到哪个账户，资金安全基本有保障。但退到代理账户，委托方要关注转账及时性。

要是委托方对退税流程熟悉，能提供完整资料，自行申报退税，退税款直接到委托方账户，这样更放心。

从常见做法看，代理负责申报退税，退税款先到代理账户居多，之后按约定转给委托方。

有些代理为了保障自身利益，会要求退税款先到自己账户，不过也会按协议及时转给委托方。

若税务部门允许委托方自行申报，委托方可以争取退税款直接退到自己账户，减少中间环节。

关键还是看委托方和代理公司签订的代理出口退税协议，按协议执行就好。