关于南昌出口退运和工厂增值税的问题,根据《中华人民共和国增值税法》和相关法规,可以给您以下建议:
1. 对于退运的部分,如果没有办理具备法律效应的发票,那么该部分增值税是不能申请退税的。
2. 如果工厂还没有开具增值税发票的情况下,应及时通知工厂停止开出具增值税发票,并要求工厂把退运的部分从发票中剔除。
3. 如果工厂已经开具了具备法律效应的增值税发票,应该联系工厂补开红字增值税专用发票,将退运的部分增值税从发票中剔除,然后将红字增值税专用发票退回给工厂作废。
4. 对于没有发票的部分,您可以与工厂协商按照退货时的货物销售价格,自行结算应退的增值税部分,将款项直接退还给工厂。
总之,为避免增值税方面出现问题,建议您在退运前及时与工厂协商,以免给双方带来不必要的损失。