一般情况下，代理出口业务的退税由委托方负责办理。这是因为委托方才是货物的实际出口方，拥有出口货物的所有权，从政策规定以及业务实质来讲，委托方符合退税主体的要求。

代理方在其中主要起到协助作用，比如提供相关出口凭证等资料。具体流程大致为，委托方在货物出口并按规定收齐单证后，向其主管税务机关申报退税。首先要进行出口货物退（免）税预申报，审核通过后再进行正式申报。

若退税过程出现问题，需看具体原因。若是代理方未按约定及时提供准确资料导致，代理方需承担责任；若是委托方自身资料不齐或不符合政策规定，委托方需自行负责。

在实际操作中，也有些代理公司会协助委托方处理退税相关事宜，不过最终的责任主体还是委托方。代理公司帮忙的话，可能会收取一定的服务费用，所以委托方要提前问清楚。

如果委托方是生产企业，实行免抵退税办法；若是外贸企业，则实行免退税办法。不管哪种，基本都是委托方自己去申报退税，代理方辅助准备相关单据。

退税申报时间也很关键，委托方要在规定期限内完成申报，不然可能影响退税。代理方应及时提醒委托方时间节点，不然因时间问题导致退税受阻，双方都有麻烦。

从税务角度看，委托方凭借出口报关单、代理出口协议等资料办理退税。若代理方有隐瞒或提供虚假信息，要承担相应法律责任，但退税核心责任还是在委托方。

在代理出口合同中，最好明确退税相关责任与义务，包括双方的工作内容、出现问题的解决方式等，这样可有效避免纠纷。

委托方办理退税时，要注意对出口货物的核算清晰准确，不然税务机关审核不通过，会影响退税进度。代理方也应确保提供数据真实有效。

现在退税申报多为网上操作，委托方要熟悉相关申报系统操作。代理方若协助申报，也要保证操作合规，否则退税出问题，双方都受影响。

若委托方符合条件，可申请无纸化退税申报，这样能加快退税速度。代理方同样要配合提供电子数据等资料，保障退税流程顺利。