一般来说，出口退税代理运费由谁承担取决于双方签订的代理协议。如果协议明确规定了由委托方承担，那就委托方出钱；若规定代理方承担，代理方就得负责这笔费用。

要是合同里没明确，通常根据具体业务情况判断。若代理服务仅为出口退税相关操作，货物运输安排由委托方负责，那么运费大概率由委托方承担，因为代理方不涉及运输环节。但要是代理方负责一条龙服务，包括运输，那么运费一般由代理方承担。比如中贸达这样专业的出口退税代理，若提供全程服务，就会涵盖运费。此外，还可参考行业习惯和公平原则，双方友好协商解决，以保障合作顺利进行。

通常委托方承担运费情况较多，毕竟货物是委托方的，委托方对运输安排等更熟悉，像选择运输方式、路线等，所以承担运费也合理。

要是代理方收取的代理费较高，且包含运输服务内容，那运费很可能由代理方出，相当于代理方把运费成本算进代理费里了。

若运输出现特殊情况，比如额外的仓储费等衍生费用，得看是谁的责任导致，责任方来承担这部分费用比较合理。

有些情况看货物的交付方式，比如采用 FOB 术语，委托方负责货物运到指定装运港船上前的一切费用，运费大概率委托方出。

从成本控制角度，若委托方自己能找到更划算的运输渠道，那自己承担运费，能更好把控成本，所以也倾向委托方承担。

要是代理方和运输公司有长期合作，能拿到优惠价格，为整合服务，代理方可能会承担运费。

当市场竞争激烈时，为吸引委托方，代理方有时会主动承担运费，把它作为竞争手段。

如果货物运输风险主要由委托方承担，从风险与费用匹配角度，委托方承担运费相对合适。