出口退税代理运费计算方式会因运输方式不同而有差异。海运方面，常见按体积或重量计费，取两者中费用高的计算。比如基本运费=货物总体积（立方米）×每立方米运费，或基本运费=货物总重量（吨）×每吨运费。此外，还可能有附加费，像燃油附加费、港口拥挤费等，具体依实际情况而定。空运通常按重量计费，一般会有一个计费重量标准，比如实际重量与体积重量相比，取较大值作为计费重量，体积重量=长（cm）×宽（cm）×高（cm）÷6000 。陆运运费计算相对复杂些，要考虑运输距离、货物重量、车型等，一般是按吨公里或车公里计算运费。

另外，不同出口退税代理公司可能在具体计算上有些许差别，你在选择代理公司时，一定要与其沟通清楚，明确各项费用的计算依据和标准。

一般来说，整箱海运运费会有个固定的基本费率，再加上各种附加费。拼箱的话，除了基本运费按体积或重量算，还可能有一些杂费，像操作费、文件费等。你找代理公司时，让他们给个详细的报价单，这样各项费用就一目了然了。

如果是国际快递，运费主要按重量和距离算。首重价格相对较高，续重价格会低些。而且不同的快递公司收费标准也不太一样。另外，有些快递公司还会根据货物的性质，比如是否为敏感货，收取额外费用。

铁路运输的运费计算和陆运有点类似，要看运输里程、货物重量等。不过铁路运输一般会有一些优惠政策，具体可以咨询出口退税代理公司，让他们结合实际情况分析。

运费计算还可能和货物的价值有关，有些代理公司会按货物价值的一定比例收取保险费等费用，这也间接影响到运费成本。所以谈合作时要关注这方面。

一些出口退税代理公司对于长期合作客户或大量货物运输，可能会给出一定的运费折扣，你可以和代理公司协商争取一下。

如果是特种货物运输，像超大、超重货物，除了基本运费，可能还会有特殊的装卸、加固等费用，要提前了解清楚。

另外，运输时间不同，运费也可能有波动，比如旺季运费可能会高些，淡季相对低。这也是考虑运费时要注意的点。

有些港口可能有自己的收费规则，在计算运费时要把港口的相关费用考虑进去，这也是代理公司需要清楚告知的。