一般情况下，代理出口退税中的运费承担问题，需要根据代理协议的具体条款来确定。在签订代理协议时，双方应该明确约定运费的承担方。如果协议中没有明确规定，那么可以按照国际贸易的惯例来处理。通常来说，如果是以FOB（离岸价）成交，那么运费由买方承担；如果是以CIF（到岸价）成交，那么运费由卖方承担。在代理出口退税的情况下，如果代理公司只是负责办理退税手续，而货物的运输由委托方自行安排，那么运费自然由委托方承担。如果代理公司同时负责货物的运输和退税手续，那么双方可以协商确定运费的承担方式。总之，运费的承担问题应该在代理协议中明确规定，以避免后期出现纠纷。

需要注意的是，不同的贸易方式和合同条款可能会对运费的承担方产生影响，因此在签订合同前，双方应该仔细协商并明确相关条款。

另外，如果在代理出口退税过程中出现了运费争议，双方应该首先通过友好协商的方式解决。如果协商不成，可以根据合同中的争议解决条款，通过仲裁或诉讼等方式解决争议。

这得看您和代理公司当初的约定，合同里写清楚了就按合同来，没写的话就得商量着来了。

一般按照贸易惯例，FOB的话买方负责运费，CIF的话卖方负责，您可以根据实际情况判断一下。

要是代理公司负责运输，那可能他们会承担一部分或全部运费，具体还得看双方协商。

其实运费谁承担都有可能，关键是要在合作前就把这些问题说清楚，免得后面麻烦。

您可以查看一下代理协议中关于费用的条款，看看有没有提到运费的承担问题。

如果没有明确规定，双方可以根据货物的价值、运输距离等因素来协商确定运费的承担方。

也可以参考同行业的惯例来解决运费承担的问题，但最终还是要以双方协商的结果为准。

在确定运费承担方时，要综合考虑各种因素，确保双方的利益都能得到保障。