海外代理运输出口退税，首先要确保业务真实性，准备好各项单证，如出口货物报关单、代理运输合同、运输发票等。

接着，需在规定时间内进行申报。一般是货物报关出口之日次月起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期内，向主管税务机关申报退税。

申报流程上，登录电子税务局，进入出口退税申报模块，按照系统提示录入相关信息，如报关单信息、发票信息等。录入完成后进行数据自检，检查是否存在疑点，有疑点需及时处理。审核通过后，即可获得出口退税款项。操作中要特别注意单证的完整性和准确性，以及申报期限，避免逾期导致无法退税。

出口退税要注意报关单的信息准确，特别是货物的名称、数量、价值等，与合同和发票一致，不然可能影响退税。

运输发票也很关键，要符合税务部门要求，开具规范，能准确反映运输业务，不然退税可能受阻。

对于海外代理运输涉及的外汇收款，要及时收汇并按规定进行申报，这和出口退税也有关系。

出口退税申报前，最好先和主管税务机关沟通，了解当地具体政策和要求，避免走弯路。

记录好业务相关的各种资料，方便税务部门后续核查，保证退税流程顺利进行。

关注汇率波动，按规定选择合适汇率折算退税金额，避免因汇率问题造成损失。

如果运输过程中有转委托等特殊情况，要准备好相关证明材料，以备退税审核。

注意出口退税政策变化，及时调整业务操作，确保符合最新要求。