在代理出口退税业务中，运费承担主体通常依据委托代理协议来确定。一般有以下常见情况：若双方在协议中明确约定由委托方承担运费，那么从货物运输起始到抵达目的地所涉及的诸如国内运输费、国际海运费、空运费等，都将由委托方支付。这可能是基于委托方对运输渠道及成本控制的考虑。反之，若协议规定由代理方承担运费，代理方就要负责相关费用支出。此外，还有一种情况是按运输阶段划分，比如国内运输由委托方负责，国际运输由代理方承担，这种划分方式兼顾了双方在不同运输环节的资源优势。所以，贵公司在与代理方谈判时，应结合自身业务规划及成本预算，明确运费承担细节并写入协议，避免后续纠纷。

通常如果代理方负责全程物流安排，为了便于成本核算和管理，代理方可能会承担运费，但最终费用也许会计入代理服务费用，转嫁给委托方。

若委托方指定特定运输公司，对运输过程有较高控制权，这种情况下委托方承担运费的可能性较大，毕竟是按照委托方意愿选择的运输。

要是货物运输风险在代理协议中有明确划分，承担风险多的一方，往往更可能承担运费，以此平衡双方责任。

有些代理出口退税业务中，若代理方有长期合作的优惠运输渠道，可能会主动承担运费，通过运输差价获取一定利润。

若出口商品利润空间大，委托方为保证业务顺利，也可能愿意承担运费，以简化与代理方的费用结算。

当运输方式复杂，涉及多种运输工具转换时，双方可能协商按阶段或比例分担运费，确保公平合理。

如果代理业务属于全包模式，代理方负责从货物出厂到交付客户的所有环节，运费大概率由代理方承担。

在一些紧急出货情况下，若委托方要求加快运输速度，产生的额外运费可能由委托方承担。